Krystian Lupa est né en 1943 à Jastrzebie Zdroj en Pologne.

De 1963 à 1969, il suit des cours de peinture, puis d'arts graphiques à l'Académie des Beaux-Arts de Cracovie, dont il sort avec un diplôme en arts graphiques. Après des études de cinéma qu'il n'achève pas, il se forme pendant quatre ans à la mise en scène au Conservatoire d'Art Dramatique de Cracovie, où il obtient son diplôme en 1978.

Il commence alors sa carrière au Teatr Norwida de Jelenia Gora, tout en dirigeant quelques productions au Stary Teatr de Cracovie (notamment Yvonne, Princesse de Bourgogne, de Gombrowicz, en 1978). Son travail à Jelenia Gora présente un caractère expérimental très marqué. Dans un texte à cette époque, intitulé "Le théâtre de la révélation", Krystian Lupa expose sa conception du théâtre comme instrument d'exploration et de transgression des frontières de l'individualité.

En 1986, il quitte définitivement Jelenia Gora pour le Stary Teatr de Cracovie, dont il devient le metteur en scène attitré. Son arrivée à Cracovie coïncide avec un tournant de sa recherche. Il s'intéresse davantage aux questions éthiques, et la plupart de ses mises en scène puisent leur matière dans la littérature russe ou autrichienne.

Il a monté ou adapté pour la scène des auteurs tels que Musil (Esquisses de l'homme sans qualités,1990), Dostoïevski (Les Frères Karamazov, 1990, reprise à l'Odéon en janvier 2000), Rilke (Malte ou le triptyque de l'enfant prodigue, 1991), Thomas Bernhard (La Plâtrière,1992, Extinction, repris à l'Odéon en 2002), Tchekhov (Platonov, 1996), Hermann Broch (Les Somnambules, repris à l'Odéon en 1998), Werner Schwab (Les Présidentes, au Teatr Polski à Wroclaw en 1999), Boulgakov (Le Maître et Marguerite, 2002 ; Odéon ateliers Berthier, 2003) ou Friedrich Nietzsche et Einar Schleef (Zaratustra, 2006).

Depuis 1983, Krystian Lupa enseigne au Conservatoire d'Art Dramatique de Cracovie, où il est doyen de la faculté de mise en scène.

De nombreux prix ont distingué son travail : le dernier en date étant le Prix Europe pour le théâtre, en 2009. Les Somnambules, lui ont valu le XXXVIème Grand Prix de la Critique dramatique et musicale pour le meilleur spectacle étranger.