Après des études au Conservatoire national supérieur d'Art dramatique, il suit Stanislas Nordey au sein de la troupe permanente au Théâtre Gérard Philipe de Saint-Denis, de 1991 à 1993, puis au Théâtre des Amandiers de Nanterre jusqu'en 1997. Depuis, Frédéric Fisbach a mis en scène des pièces de Paul Claudel, Vladimir Maïakovsky, Strinberg, Kafka, Barry Hall, Racine, Corneille, Fichet.

À l'opéra, il a monté Forever Valley de Gérard Pesson sur un livret de Marie Redonnet, Kyrielle du sentiment des choses de François Sahran sur un livret de Jacques Roubaud, Agrippina de Haëndel, Shadowtime de Brian Ferneyhough sur un livret de Charles Bernstein.

Lauréat de la Villa Médicis hors les murs au Japon en 1999, il a mis en scène Nous, les héros de Jean-Luc Lagarce en japonais à Tokyo et Tokyo Notes de Oriza Hirata avec une équipe franco-japonaise à la Villette en 2000. Cette collaboration franco-japonaise s'est poursuivie avec Les Paravents de Jean Genet présenté au Théâtre National de la Colline en 2003. En 2005, Frédéric Fisbach crée au Japon Gens de Séoul de Oriza Hirata en japonais.

Depuis janvier 2002, il dirige le Studio-Théâtre de Vitry, où il a développé un laboratoire de recherche régulièrement ouvert à des "spectateurs associés". Depuis le 1er janvier 2006, il est, avec Robert Cantarella, codirecteur du 104, rue d'Aubervillers à Paris.