Alexis Moati intègre en 1989 l’Atelier du Théâtre National de Marseille – La Criée, dirigé par Jean-Pierre Raffaelli. Il travaille avec des artistes tels que Memet Ullussoy, François Verret, Alain Knap. À la sortie de l’école, il fonde, avec dix acteurs de sa promotion, la compagnie L’Équipage. Il y travaille pendant cinq ans et joue Woyzeck, Lulu, Alpha Reine, Le chariot de terre cuite, Il y a quelque chose qui marche derrière moi et fait deux mises en scène : Zoa de Gilles Robic et Les Archanges ne jouent pas au flipper de Dario Fo. En 1995, il quitte la compagnie et travaille avec d’autres metteurs en scène tels que Hubert Colas, Pierre Laneyrie, Françoise Chatôt, Jeanne Mathis, Henry Moati, Jean Boillot… Il participe à de nombreux films et téléfilms. Parallèlement, il crée la compagnie Vol Plané avec Jérôme Beaufils au sein de laquelle ils produisent deux duos burlesques : Il y a quelque chose qui marche derrière moi et Drôle de silence. En 2001 il met en scène La nuit au cirque d’Olivier Py. En 2004, il traduit et met en scène Liliom de Ferenc Molnar, en collaboration avec Stratis Vouyoucas. En 2005-2006, il met en scène, avec Stratis Vouyoucas, Les larmes amères de Petra von Kant de R.W. Fassbinder, en coproduction avec le Théâtre du Gyptis. En 2006, il crée, Il y a quelque chose de très satisfaisant dans le monde moderne, un troisième duo burlesque, avec la collaboration de Jérôme Beaufils et Stratis Vouyoucas. En 2008, il monte avec Pierre Laneyrie Le Malade imaginaire de Molière. En 2010, il monte Peter Pan, ou le petit garçon qui haïssait les mères, adaptation par Andrew Birkin de la célèbre pièce de James Matthew Barrie. Ce spectacle a été filmé et diffusé sur Arte en décembre 2010 et 2011. En 2011, il monte avec Pierre Laneyrie L’Avare de Molière en coproduction avec le théâtre du Gymnase et l’Espace des Arts, Scène nationale de Chalon-sur-Saône.
Alexis Moati sera artiste associé à l’Espace des Arts, Scène nationale de Chalon-sur-Saône dès janvier 2012 et pour 3 ans.